Refletindo o espírito que norteia a ABRAP, sua administração é colegiada, transparente e eleita por voto direto dos associados para um mandato de dois anos.
Há um presidente, dois vice-presidentes e seis diretorias: Cientifica, Divulgação e Afiliações, Tesouraria, Secretaria, Eventos e Publicação. Todas as Diretorias contam com até 5 (cinco) membros provenientes, sempre que possível, de diferentes abordagens, profissões e regiões brasileiras.
Há um Conselho Supervisor formado por 3 (três) membros, que tem por competência zelar para que a ABRAP permaneça fiel aos seus objetivos e arbitrar como instância inapelável sobre impasses da Presidência ou entre esta e membros da Diretoria.
Ao Conselho Fiscal, constituído por 3 (três) membros, compete acompanhar e fiscalizar a prestação de contas e orçamento da entidade.
A instância máxima de deliberação é a Assembleia Geral, constituída por todos associados com direito a voto, com poder para discutir e deliberar sobre todos os assuntos da vida associativa.